Tras una inversión de 16,5 M. de Euros en la rehabilitación del Palacio Villalón de Málaga, el museo abrió, con 200 obras de pintura española y andaluza cedidas por la baronesa Thyssen, el 24 de marzo de 2011. En septiembre de 2010 se nombró a María López Fernández como su primera directora. López, dimitió junto a Tomás Llorens, cuando no se había cumplido un mes desde su apertura. Cinco días después el patronato de la Fundación Palacio Villalón, que gestiona el Museo Carmen Thyssen-Bornemisza de Málaga, nombró nueva directora a Lourdes Moreno, que desde 2006, era directora de la Fundacion Pablo Ruiz Picasso - Museo Casa Natal de Málaga. Moreno, estará al frente de un equipo de 30 personas.
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